El Liceo de Heredia tiene sus orígenes en el Colegio San Agustín, fundado en 1875 en la ciudad de Heredia, gracias a la iniciativa de vecinos distinguidos y al apoyo de la municipalidad. A pesar de los esfuerzos de la comunidad, la falta de recursos económicos provocó varios cierres temporales. Fue hasta 1904 cuando, gracias a la gestión del Dr. Benjamín de Céspedes y al apoyo del gobierno central, se logró reabrir con una subvención mensual y la participación de la municipalidad. Ese mismo año, la institución adquirió un terreno propio en la esquina donde actualmente se ubica, consolidando así su permanencia en la provincia.
En 1905, el colegio adoptó oficialmente el nombre de Liceo de Heredia, convirtiéndose en un referente académico y cultural para la comunidad herediana. Su existencia representó un gran paso en el acceso a la educación secundaria en la región, en una época en que este nivel no contaba con respaldo pleno del Estado y dependía de iniciativas locales.
Posteriormente, con la creación de la Escuela Normal de Costa Rica en 1914, parte de la infraestructura y de la vida académica del Liceo se relacionaron estrechamente con la formación de docentes. Esto fortaleció el carácter educativo de Heredia como centro de formación académica nacional.
A lo largo de su historia, el Liceo de Heredia ha sido testigo y protagonista de importantes transformaciones educativas en el país. Desde su fundación, ha formado generaciones de estudiantes que han contribuido al desarrollo cultural, social y académico de Costa Rica, consolidándose como un pilar fundamental de la educación secundaria costarricense.